A bandeira municipal foi instituída como símbolo pela Lei nº 303 de 05/09/1977. Seus autores foram os professores Rui Batagelo e Francisco Costella, assessorados pelo heraldista e vexilologista professor Antônio Peixoto de Faria, da Enciclopédia Heráldiga Municipalista. A bandeira tem as cores: Verde, Branca e Amarela. No centro está o brasão de Fraiburgo (2ª versão), representando o governo municipal. A cor verde representa os campos e as colheitas. A cor branca simboliza a paz, amizade, trabalho, prosperidade, pureza, religiosidade. A cor amarela representa as indústrias do município, geradoras de riquezas.